La Fuerza Aérea ha estado presente en las campañas antárticas desde la primera de ellas en 1984. Desde entonces, su colaboración con la logística del Programa Nacional Antártico ha sido un aporte invalorable.

Las misiones de la FAU transportan cada año, personal, científicos y equipos a la Base Científica Antártica Artigas, nuestra base más importante en la Antártida, dotando a este tipo de misiones con la velocidad que el medio aéreo le proporciona.

 Actualmente la Fuerza Aérea Uruguaya utiliza los Hércules KC-130H de la Fuerza Aérea Uruguaya, que en comparación con su modelo antecesor, cuenta con mayor autonomía, lo que permite realizar eventuales tramos directos entre Montevideo y la Isla Rey Jorge.